1914年5月19日出生於中國福建閩候縣。
1928年10月赴日，師從瀨越憲作門下，翌年被日本棋院授予三段。
1933年與木谷實共同創造了重視速度與實利的新佈局。
1933年獲得日本選手權戰冠軍，9月與本因坊秀哉名人進行紀念性對局“三三·星·天元”。
1939年開始與木谷實進行十番棋賽，1941年6勝4負贏木谷實。
1950年升為九段。
1958年第1期、1961年第3期日本最強決定戰冠軍。
1967年獲得大倉獎。
1983年引退。
1986年獲得香港中文大學榮譽博士稱號。
1987年獲勳三等旭日中綬章。
共獲6次大手合段位賽優勝。 著有《新佈局法》（與木谷實合作）、《吳清源全集》、《吳清源自選
百局》、《名局細解》、《吳清源打棋全集》全4卷、《以文會友》。被稱為現代圍棋奠基人。
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